Page d’administration

Certains utilisateurs ont accès à la page d’administration de l’application.

Danger

Les modifications effectuées dans cette page sont définitives. Soyez donc très prudent.

Gestion de l’authentification et des autorisations

Aperçu

Une sous partie de la page d’administration corresponds à la gestion des AUTHENTIFICATION ET AUTORISATION. Elle se divise en deux pages :

  • Groupes : Liste des groupes

  • Utilisateurs : Liste des utilisateurs

Création de compte et mise à jour

Pour mettre à jour les utilisateurs, les autorisations, etc, importez le fichier CSV. Pour simplifier la gestion des comptes entre les différents acteurs du projet EMERGEN, nous avons opté pour un import d’un fichier CSV (séparateur ; et encodage Unicode (UTF-8).Un fichier d’exemple est disponible sur le GitLab du projet. Pour créer un utilisateur, ajoutez le dans votre fichier CSV qui regroupe l’ensemble de vos utilisateurs et importez la section Import du fichier diponible à la page Utilisateur.

L’application va allors parcourir toutes les lignes. Plusieurs cas sont possibles :

  1. L’utilisateur n’a pas de compte :
    • Cas 1.1 - Autorisation accès ssh = oui et Compte ouvert sur cluster IFB-core est vide. Dans ce cas l’utilisateur va recevoir un mail avec la documentation pour demander une inscription sur les cluster de l’IFB

    • Cas 2.2 - Autorisation accès ssh = non ou vide : Il ne doit pas avoir d’accès à l’espace partagé. Dans ce cas, l’utilisateur est créé dans la base de données avec un mot de passe aléatoire non connu des administrateurs et un mail pour demander une mise à jour de ce mot de passe lui est alors envoyé.

  2. L’utilisateur a déjà un compte enregistré dans l’application EMERGEN-DB :
    • Si dans la colonne Autorisation accès ssh, il y a un oui et que la colonne Compte ouvert sur cluster IFB-core n’est pas vide, l’application va vérifier que le username est le même (en cas de différence, le username d’EMERGEN-DB sera remplacé par celui du cluster)

    • Si dans la colonne Autorisation accès ssh, il y a un oui et que la colonne Compte ouvert sur cluster IFB-core est vide : Rien ne se passe. L’utilisateur a déjà reçu un mail avec la documentation.

Important

Il n’est pas possible de supprimer un utilisateur surtout s’il a soumis des données. Il est cependant possible de lui retirer les accès en décochant Actif dans sa page ou en mettant Autorisation accès EMERGEN-DB = non

Important

Pour donner à un utlisateur les accès à la page d’aministration, il suffit de mettre oui dans la colonne Autorisation accès EMERGEN-DB ADMIN. Attention encore une fois, à ne pas donner ces droits à la légère car l’utilisateur aura accès à quasiment tout.

Envoyer un mail avec EMERGEN-DB

Pour communiquer plus facilement avec les utilisateurs d’EMERGEN-DB, il est possible d’écrire un mail dans la page d’administration : 1) Selectionner les destinataires (le filtrage peut vous aider) ; 2) Dans le selecteur Action, cliquer sur Send email ; 3) Rédiger votre mail puis envoyer.

Envoyer un mail pour réinitialiser le mot de passe

Avertissement

Cette action permet de modifier le mot de passe uniquement dans EMERGEN-DB. Si l’utilisateur souhaite modifier aussi son mot de passe sur le cluster, il doit dans ce cas se connecter à cette adresse https://my.cluster.france-bioinformatique.fr/manager2/login

Gestions des fichiers, des résultats et des variants

Excel_files

Liste des fichiers actuellement disponible dans l’application.

Deux actions sont disponibles :

  • Delete results (DB and Files) : Supprime les fichiers sélectionnés et les entrées en base des données

  • Export Zip : Création d’un zip avec les fichiers sélectionnés et export

Avertissement

Si un fichier est supprimé, toutes les données associées sont aussi supprimées. Restez donc prudent car la suppression est définitive.

Results

Liste des résultats actuellement disponible dans l’application.

De nombreux outils de filtrage sont disponibles comme:

  • La barre de recherche par numéro de prélèvement

  • La barre de filtrage :
    • Pour filtrer par indication de séquençage

    • Sélectioner une plage de dates

    • Sélectionner un variant spécifique

Il est possible d’exporter le tableau sous forme de fichier CSV (filtrer ou non).

Variants

Danger

Cette partie n’est plus d’actualité depuis le passage à la version 3 du fichier-trame. En effet, les résultats sont à présent libre.

Pour mettre à jour la liste des variants, il suffit d’importer le fichier Excel trame dont le 4ème onglet contient les variants acceptés. Une indication vous permet de savoir si le variant est actuellement accepté ou non. Si un variant n’est plus accepté alors il est n’est plus considéré comme is_current et ne sera plus utilisé lors de la détection des non-conformités.

Danger

Il est très important de respecter la règle des noms. En effet, le bouton de téléchargement dans l’application va récupérer le dernier fichier grâce au nom du fichier et le numéro de version par une expression régulière. Il faut donc être particulièrement prudent sur ce nom. La structure du nom est YYYY-MM-DD_ACRONYME-PF_semaineXX_emergen_typage_vY.Y.Y.xlsx où vous devez remplacer le Y.Y.Y par le numéro de version. Par exemple, lors de l’écriture de cette documentation le dernier fichier trame portait le nom : YYYY-MM-DD_ACRONYME-PF_semaineXX_emergen_typage_v2.0.2.xlsx

Export de données

Teams

Dnas l’onglet Teams, il est possible d’exporter le nombre de séquences réalisées par équipe et par semaine.

Gestions des mutations

Importer des Genomic feature

Il est possible d’importer un fichier GFF pour ajouter des Genomic feature. Actuellement, le code reconnait uniquement celui du NCBI : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/. Actuellement, la tentative d’indexation se fait sur NC_045512.2.

Importer des Proteomic feature

Il est possible d’importer un fichier GFF pour ajouter des Proteomic feature. Actuellement, le code reconnait uniquement celui de Nextclade : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/. Ce fichier a de l’importance lors de la tentative d’indexation des données de Nextclade