Page d’administration¶
Certains utilisateurs ont accès à la page d’administration de l’application.
Danger
Les modifications effectuées dans cette page sont définitives. Soyez donc très prudent.
Gestion de l’authentification et des autorisations¶
Aperçu¶
Une sous partie de la page d’administration corresponds à la gestion des AUTHENTIFICATION ET AUTORISATION
.
Elle se divise en deux pages :
Groupes
: Liste des groupesUtilisateurs
: Liste des utilisateurs
Création de compte et mise à jour¶
Pour mettre à jour les utilisateurs, les autorisations, etc, importez le fichier CSV.
Pour simplifier la gestion des comptes entre les différents acteurs du projet
EMERGEN, nous avons opté pour un import d’un fichier CSV (séparateur ; et encodage
Unicode (UTF-8).Un fichier d’exemple est disponible sur le GitLab du projet. Pour créer un utilisateur,
ajoutez le dans votre fichier CSV qui regroupe l’ensemble de vos utilisateurs et importez la section Import du fichier
diponible à la page Utilisateur.
L’application va allors parcourir toutes les lignes. Plusieurs cas sont possibles :
- L’utilisateur n’a pas de compte :
Cas 1.1 -
Autorisation accès ssh
= oui etCompte ouvert sur cluster IFB-core
est vide. Dans ce cas l’utilisateur va recevoir un mail avec la documentation pour demander une inscription sur les cluster de l’IFBCas 2.2 -
Autorisation accès ssh
= non ou vide : Il ne doit pas avoir d’accès à l’espace partagé. Dans ce cas, l’utilisateur est créé dans la base de données avec un mot de passe aléatoire non connu des administrateurs et un mail pour demander une mise à jour de ce mot de passe lui est alors envoyé.
- L’utilisateur a déjà un compte enregistré dans l’application EMERGEN-DB :
Si dans la colonne
Autorisation accès ssh
, il y a un oui et que la colonneCompte ouvert sur cluster IFB-core
n’est pas vide, l’application va vérifier que le username est le même (en cas de différence, le username d’EMERGEN-DB sera remplacé par celui du cluster)Si dans la colonne
Autorisation accès ssh
, il y a un oui et que la colonneCompte ouvert sur cluster IFB-core
est vide : Rien ne se passe. L’utilisateur a déjà reçu un mail avec la documentation.
Important
Il n’est pas possible de supprimer un utilisateur surtout s’il a soumis des données. Il est cependant
possible de lui retirer les accès en décochant Actif dans sa page ou en mettant Autorisation accès EMERGEN-DB
= non
Important
Pour donner à un utlisateur les accès à la page d’aministration, il suffit de mettre oui dans la colonne Autorisation accès EMERGEN-DB ADMIN
.
Attention encore une fois, à ne pas donner ces droits à la légère car l’utilisateur aura accès à quasiment tout.
Envoyer un mail avec EMERGEN-DB¶
Pour communiquer plus facilement avec les utilisateurs d’EMERGEN-DB, il est possible d’écrire un mail dans la page d’administration :
1) Selectionner les destinataires (le filtrage peut vous aider) ;
2) Dans le selecteur Action
, cliquer sur Send email
;
3) Rédiger votre mail puis envoyer.
Envoyer un mail pour réinitialiser le mot de passe¶
Avertissement
Cette action permet de modifier le mot de passe uniquement dans EMERGEN-DB. Si l’utilisateur souhaite modifier aussi son mot de passe sur le cluster, il doit dans ce cas se connecter à cette adresse https://my.cluster.france-bioinformatique.fr/manager2/login
Gestions des fichiers, des résultats et des variants¶
Excel_files¶
Liste des fichiers actuellement disponible dans l’application.
Deux actions sont disponibles :
Delete results (DB and Files)
: Supprime les fichiers sélectionnés et les entrées en base des donnéesExport Zip
: Création d’un zip avec les fichiers sélectionnés et export
Avertissement
Si un fichier est supprimé, toutes les données associées sont aussi supprimées. Restez donc prudent car la suppression est définitive.
Results¶
Liste des résultats actuellement disponible dans l’application.
De nombreux outils de filtrage sont disponibles comme:
La barre de recherche par numéro de prélèvement
- La barre de filtrage :
Pour filtrer par indication de séquençage
Sélectioner une plage de dates
Sélectionner un variant spécifique
…
Il est possible d’exporter le tableau sous forme de fichier CSV (filtrer ou non).
Variants¶
Danger
Cette partie n’est plus d’actualité depuis le passage à la version 3 du fichier-trame. En effet, les résultats sont à présent libre.
Pour mettre à jour la liste des variants, il suffit d’importer le fichier Excel
trame dont le 4ème onglet contient les variants acceptés. Une indication vous
permet de savoir si le variant est actuellement accepté ou non. Si un variant
n’est plus accepté alors il est n’est plus considéré comme is_current
et
ne sera plus utilisé lors de la détection des non-conformités.
Danger
Il est très important de respecter la règle des noms. En effet, le bouton de
téléchargement dans l’application va récupérer le dernier fichier grâce au
nom du fichier et le numéro de version par une expression régulière. Il faut donc
être particulièrement prudent sur ce nom. La structure du nom est
YYYY-MM-DD_ACRONYME-PF_semaineXX_emergen_typage_vY.Y.Y.xlsx
où vous devez remplacer le Y.Y.Y par le numéro de version. Par exemple, lors de
l’écriture de cette documentation le dernier fichier trame portait le nom :
YYYY-MM-DD_ACRONYME-PF_semaineXX_emergen_typage_v2-3.0.6.xlsx
Export de données¶
Teams¶
Dans l’onglet Teams
, il est possible d’exporter le nombre de séquences
réalisées par équipe et par semaine.
Gestions des mutations¶
Importer des Genomic feature
¶
Il est possible d’importer un fichier GFF pour ajouter des Genomic feature
.
Actuellement, le code reconnait uniquement celui du NCBI : SARS-CoV-2 Data Hub .
Actuellement, la tentative d’indexation se fait sur NC_045512.2
.
Importer des Proteomic feature
¶
Il est possible d’importer un fichier GFF pour ajouter des Proteomic feature
.
Actuellement, le code reconnait uniquement celui de Nextclade : SARS-CoV-2 Data Hub.
Ce fichier a de l’importance lors de la tentative d’indexation des données de Nextclade