Saisie de vos données

Fichier-trame

Sur la page d’acceuil de l’application, vous pourrez télécharger le dernier fichier-trame disponible qui vous permettra de saisir vos données en assurant une cohérence de tous les contributeurs en termes de contenu et de format (dates, noms de variants, techniques de séquençage, …), qui sera nécessaire pour la compilation de vos données.

La saisie peut s’effectuer manuellement, mais si vous le désirez vous pourrez sans doute également adapter vos pipelines pour produire un fichier conforme.

  • Les fichiers doivent absolument être fournis en format xlsx, pour que nous puissions ensuite les importer et valider leur contenu.

  • Les séquences doivent être stockées dans un seul fichier au format Fasta. Les headers renseignés dans le fichier-trame Excel doitvent être identique à ceux dans le fichier fasta.

  • Ils doivent correspondre au fichier-trame envoyé aux plateformes, contenir tous les onglets et se conformer aux contraintes de validation des différentes colonnes.

N’hésitez pas à nous contacter le plus rapidement possible en cas de difficultés avec le fichier-trame.

Convention de nommage

Nous proposons une convention de nommage homogène afin de pouvoir retracer l’origine de chaque fichier.

[YYYY-MM-DD]_[ACRONYME-PF]_semaine[XX]_emergen_typage_v[X.X].xlsx

Les chaînes de caractère entre crochets doivent être remplacées, sauf vX.X qui définit la version du fichier-trame.

[YYYY-MM-DD] indique la date de téléchargement du résultat.

[acronyme-pf] est l’acronyme du laboratoire séquenceur. La liste des plateformes et de leurs acronymes sont listés dans la page du Consortium EMERGEN.

semaine[XX]_ indiquera le numéro de la semaine de séquençage en 2 chiffres (utiliser 01, 02, …, 09 pour les 9 premières semaines de l’année).