Page de dépannage

Server error (500)

Une erreur s’est produite lors du traitement du fichier Excel. Cette erreur a lieu parce que l’application n’a pas su quoi faire devant une valeur particulière. Dans ce cas, envoyez nous un mail à l’adresse support (support-emergen-db@groupes.france-bioinformatique.fr) avec le nom du fichier excel. Nous implémenterons ensuite un correctif et nous vous recontacterons pour resoumettre vos données.

En attendant notre réponse, vous pouvez commencer par ouvrir le fichier Excel et vous assurez que visuellement, il n’y a pas de problème comme des caractères étranges, des dates mal formatées, …

Nous sommes navrés pour la gêne occasionnée et nous vous remercions par avance de vos retours qui permettront d’améliorer constamment EMERGEN-DB.

Time-out, error 500

Cette erreur est liée au délai de traitement. Deux possibilités :

  • Trop de personnes soumettaient les données à ce moment ;

  • Le fichier soumis est trop gros ;

Dans les deux cas, contactez nous en nous précisant le nom du fichier (support-emergen-db@groupes.france-bioinformatique.fr).

Comprendre les non-conformités

La liste ci-dessous n’est pas exaustives mais regroupe les principales causes de non-conformité en fonction des colonnes indiquées.

  • Doublon dans les numéros de prélèvements : Le prélèvement existe déjà dans la base de données

  • Numéro de prélèvement : Le numéro de prélèvement n’est pas alphanumérique

  • cluster : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • enquête Flash : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • voyage étranger ou contact avec voyageur : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • sujet vacciné : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • réinfection : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • immunodéprimé : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • cas graves : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • enquêtes dépistage : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • échec traitement Ac : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • situation épidémiologique anormale : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • surveillance sentinelles : La valeur renseignée n’est pas vide, 0 ou 1

  • Année de naissance : L’année renseignée n’est pas comprise entre 1900 et aujourd’hui

  • Genre : Le genre ne fait pas partie de la liste proposée

  • Département résident : Le département de résidence n’existe pas

  • Date de prélèvement : La date de prélèvement n’est pas au bon format (ISO 8601 : YYYY-MM-DD)

  • Nom du laboratoire préleveur : Le nom du laboratoire préleveur est absent

  • Code postal du labo préleveur : Le code postal n’existe pas

  • FINESS géographique du laboratoire préleveur : Le FINESS n’est pas au bon format (http://finess.sante.gouv.fr/fininter/jsp/definitions.do?codeDefinition=3)

  • Nom du laboratoire expéditeur : Le nom du laboratoire expéditeur est absent

  • Code postal du labo expéditeur : Le code postal n’existe pas

  • FINESS géographique du laboratoire expéditeur : Le FINESS n’est pas au bon format (http://finess.sante.gouv.fr/fininter/jsp/definitions.do?codeDefinition=3)

  • Nom du laboratoire séquenceur : La valeur est manquante ou le laboratoire indiqué ne fait pas parti des laboratoires référencés. Dans ce cas, contactez le support.

  • Date de réception du prélèvement : La valeur est manquante ou n’est pas au bon format (ISO 8601 : YYYY-MM-DD)

  • Date de résultat du séquençage : La valeur est manquante ou n’est pas au bon format (ISO 8601 : YYYY-MM-DD)

  • Technologie de séquençage : La valeur est manquante ou pas dans la liste autorisée (voir le deuxième onglet du fichier trame)

  • Longueur de séquençage : La valeur est manquante ou pas dans la liste autorisée (voir le deuxième onglet du fichier trame)

  • Résultat de la séquence : La valeur est manquante ou pas dans la liste autorisée (voir le deuxième onglet du fichier trame)

  • Autre variant : La valeur est manquante alors que « Autre (précisez) » a été indiqué

  • Chronologie des dates : Une date obligatoire est manquante ou les dates ne suivent pas la linéarité du temps.

  • Incohérence technologie / Longueur : La valeur NGS a été sélectionnées mais la longueur indiquée est partielle

  • Autre variant non spécifié : La valeur est manquante alors que « Autre (précisez) » a été indiqué

  • Département résident : Le département de résildence n’existe pas.

  • Pango - Données manquantes (résultat ou date) : Le résultat de Pango ou la version est manquant. Si une des deux cellules n’est pas vide, alors l’autre est obligatoire.

  • Nextclade - Données manquantes (résultat ou date) : Le résultat de Nextclade ou la version ou la version de Pango Learn est manquant. Si une des trois cellules n’est pas vide, alors les autres sont obligatoires.

  • Séquence absente dans le fichier fasta : Une séquence est manquante dans le fichier FASTA ou un header est manquant dans le fichier-trame