*******************************************************************************
Bienvenue dans la documentation d'EMERGEN-DB
*******************************************************************************

Bienvenue sur la documentation de l'application de dépôt du consortium EMERGEN
pour la surveillance génomique du SARS-CoV-2 en France. Ce projet est conduit par
Santé publique France et l'ANRS | Maladies Infectieuses Emergentes, avec de
nombreux partenaires dont le CNR Virus des infections respiratoires et
l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). L'application est accessible en cliquant sur le lien suivant :
`https://emergen-db.france-bioinformatique.fr/ <https://emergen-db.france-bioinformatique.fr/>`_ ou en cliquant
dans la barre de gauche sur le bouton :code:`Aller sur EMERGEN-DB`.


.. note::
    Si des informations sont manquantes ou pas claires, n'hésitez pas à nous
    faire un retour sur l'adresse support (support-emergen-db@groupes.france-bioinformatique.fr).
    Nous vous remercions par avance et nous essayerons de l'améliorer au plus vite.

Navigation
===============================================================================

.. toctree::
    :maxdepth: 2
    :caption: Général

    overview_objectifs
    overview_points_forts

.. toctree::
    :maxdepth: 2
    :caption: Manuel de l'utilisateur

    user_create_account
    user_login
    user_data_creation
    user_profil
    user_import
    user_stats
    user_explore
    user_documentation
    user_export
    user_admin
    user_troubleshooting
    user_community

.. toctree::
    :maxdepth: 2
    :caption: Package R

    overview_packageR
    user_use_case_api


.. toctree::
    :maxdepth: 2
    :caption: Manuel de l'administrateur

    admin_requirements
    admin_staging
    admin_prod
    admin_cron.rst
    admin_routine.rst
    admin_pango_nextclade_update_routine.rst

.. toctree::
    :maxdepth: 2
    :caption: Manuel du développeur

    dev_tools
    dev_requirements
    dev_dev
    dev_django
    dev_code_quality.rst
    dev_database
    dev_api
    dev_collector
    dev_community
    dev_data_brokering
    dev_ena
    dev_explore
    dev_gisaid
    dev_home
    dev_mutation
    dev_stats
    dev_helpdesk
    dev_event
    dev_beacon
    dev_enrishment
    dev_project_manager
    dev_reference_document
    dev_documentation