Date de création
2024-04-29 12:03 (Europe/Paris)
Implémenté et généré par
EMERGEN-DB team (IFB)
Ce rapport a été généré à l'aide du package Rtools4Emergen disponible sur GitLab
Informations sur la session
## R version 4.1.2 (2021-11-01)
## Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
## Running under: macOS 14.1.2
##
## Matrix products: default
## LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources/lib/libRlapack.dylib
##
## locale:
## [1] fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8/C/fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] Rtools4Emergen_0.0.0.9099 RColorBrewer_1.1-3 reshape_0.8.9 rmapshaper_0.5.0
## [5] geojsonio_0.11.3 raster_3.5-21 sp_2.1-3 echarts4r_0.4.5
## [9] ragg_1.2.2 tinytex_0.50 lubridate_1.9.3 forcats_1.0.0
## [13] stringr_1.5.1 purrr_1.0.2 readr_2.1.5 tibble_3.2.1
## [17] tidyverse_2.0.0 webshot_0.5.5 ggthemes_5.1.0 plotly_4.10.4
## [21] DescTools_0.99.45 googleVis_0.7.1 ggplot2_3.5.0 gplots_3.1.3.1
## [25] cowplot_1.1.3 tidyr_1.3.1 dplyr_1.1.4 jsonlite_1.8.8
## [29] httr_1.4.7 knitr_1.46 devtools_2.4.3 usethis_2.1.6
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] colorspace_2.1-0 ellipsis_0.3.2 class_7.3-19 rprojroot_2.0.3 fs_1.6.3 gld_2.6.5
## [7] rstudioapi_0.16.0 httpcode_0.3.0 proxy_0.4-27 remotes_2.4.2 fansi_1.0.6 mvtnorm_1.1-3
## [13] codetools_0.2-18 cachem_1.0.8 rootSolve_1.8.2.3 pkgload_1.2.4 shiny_1.8.1.1 compiler_4.1.2
## [19] Matrix_1.3-4 fastmap_1.1.1 lazyeval_0.2.2 cli_3.6.2 later_1.3.2 htmltools_0.5.8.1
## [25] prettyunits_1.2.0 tools_4.1.2 gtable_0.3.4 glue_1.7.0 lmom_2.9 geojson_0.3.5
## [31] V8_4.4.2 Rcpp_1.0.12 jquerylib_0.1.4 cellranger_1.1.0 vctrs_0.6.5 crul_1.4.0
## [37] xfun_0.43 ps_1.7.6 brio_1.1.3 testthat_3.1.4 timechange_0.3.0 mime_0.12
## [43] lifecycle_1.0.4 gtools_3.9.5 terra_1.5-21 jqr_1.2.3 MASS_7.3-54 scales_1.3.0
## [49] hms_1.1.3 promises_1.3.0 expm_0.999-6 yaml_2.3.8 curl_5.2.1 Exact_3.1
## [55] memoise_2.0.1 sass_0.4.9 stringi_1.8.3 desc_1.4.1 e1071_1.7-14 caTools_1.18.2
## [61] boot_1.3-28 pkgbuild_1.3.1 rlang_1.1.3 pkgconfig_2.0.3 systemfonts_1.0.4 bitops_1.0-7
## [67] evaluate_0.23 lattice_0.20-45 sf_1.0-7 htmlwidgets_1.6.4 processx_3.8.4 tidyselect_1.2.1
## [73] plyr_1.8.9 geojsonsf_2.0.3 magrittr_2.0.3 R6_2.5.1 generics_0.1.3 DBI_1.2.2
## [79] pillar_1.9.0 withr_3.0.0 units_0.8-0 crayon_1.5.2 KernSmooth_2.23-20 utf8_1.2.4
## [85] rmarkdown_2.26 tzdb_0.4.0 grid_4.1.2 readxl_1.4.3 data.table_1.15.4 callr_3.7.6
## [91] digest_0.6.35 classInt_0.4-7 xtable_1.8-4 httpuv_1.6.15 textshaping_0.3.6 munsell_0.5.1
## [97] viridisLite_0.4.2 bslib_0.7.0 sessioninfo_1.2.2
Les activités du consortium EMERGEN sont réparties entre 5 types de plateformes de séquençage, habilitées à faire du séquençage pour différentes indications :
Pour informations sur les indications se référer au dossier du consortium Emergen Santé Publique France.
Figure 1 – Activité de séquençage du consortium EMERGEN, par type de laboratoire, par semaine de résultat
NOTE: les données d’activité des deux dernières semaines ne sont pas consolidées.Figure 2 – Délais médians de séquençage par type de laboratoires (plateformes CNR, platformes CNR-LE, plateformes AMI, réseau ANRS|MIE et réseau LBM-ARS) par semaine de réception du prélèvement
NOTE : les données d’activité des deux dernières semaines ne sont pas consolidées.Le délai de séquençage correspond à la différence entre la date de réception et la date de résultat du séquençage d’un prélèvement. Ces délais oscillent normalement entre 6 et 9 jours, avec des pics éventuels qui correspondent normalement à des périodes où l’activité de séquençage a été plus intense (voir Figure 1). Dans le slider, la ligne bleue correspond à la moyenne des délais médians.
Figure 3 – Nombre de séquences produites par date de prélèvement et par indication
NOTE : les données d’activité des deux dernières semaines ne sont pas consolidées.Figure 4 – Utilisation des capacités NGS (en %) par type de plateforme et par semaine
NOTE : les données d’activité des deux dernières semaines ne sont pas consolidées.Les capacités NGS génome complet ont été déclarées par les laboratoires du consortium, et elles sont agrégées ici par type de laboratoire. Elles correspondent à une activité de routine, qui peut être augmentée pour certaines plateformes dans le cadre d’opérations ponctuelles.
Figure 5 – Nombre de séquences produites par type de plateforme et par semaine et capacités maximales NGS hebdomadaires déclarées
NOTE : les données d’activité des deux dernières semaines ne sont pas consolidées.Carte 1: Nombre de prélèvements séquencés par département d’origine du patient et par semaine de prélèvement
NOTE : les données d’activité des deux dernières semaines ne sont pas consolidées.Le chiffre affiché correspond au nombre de prélèvements envoyés par les laboratoires de première intention aux différentes plateformes de séquençage. La détermination de l’origine du patient est faite avec le critère « département de résidence » par défaut, remplacé par département du laboratoire préleveur ou département du laboratoire expéditeur en son absence.
Carte 2: Nombre de prélèvements séquencés par région d’origine du patient et par semaine de prélèvement
NOTE : les données d’activité des deux dernières semaines ne sont pas consolidées.Le chiffre affiché correspond au nombre de prélèvements envoyés par les laboratoires de première intention aux différentes plateformes de séquençage. La détermination de l’origine du patient est faite avec le critère « région de résidence » par défaut, remplacé par région du laboratoire préleveur ou région du laboratoire expéditeur en son absence.