Reference documents

Bon d'envoi

Le bon d'envoi sert à la saisie des informations sur le prélèvement. Il est généré par les laboratoires préleveurs ou les laboratoires expéditeurs, et envoyé aux laboratoires séquenceurs.

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Tableau d'appariement

Le tableau d'appariement collecte les données identifiantes du patient et les numéros d'identification des échantillons produits par les laboratoires préleveur, expéditeur et séquenceur. Il est produit par les laboratoires séquenceurs (sur abse des données obtenues des laboratoires préleveurs) et est transféré à un tiers de confiance certifié pour le traitement des données de santé.

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Trousseau d'appariement

Le trousseau d'appariement est le résultat de la pseudonymisation des données identifiantes du tableau d'appariement. Il fait le lien entre les pseudonymes et les numéros de prélèvements émis par le laboratoire préleveur et par le laboratoire séquenceur. La pseudonymisation est assurée par le tiers de confiance,suivant l'algorithme pseudo2 de SIDEP, afin de permettre l'appariement avec d'autres bases de données (SI-DEP, VAC-SI, SI-VIC).

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Fichiers trame

Le fichier-trame de métadonnées EMERGEN-DB est produit par les laboratoires séquenceurs, et soumis à la base de données EMERGEN-DB (https://emergen-db.france-bioinformatique.fr/). Il regroupe les métadonnées de prélèvement non-identifiantes et les métadonnées de séquençage ainsi que les résultats de séquençage.

Procédure de transfert des données brutes

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